Dalam melakukan pemeriksaan / pengujian terhadap sampel, Balai Besar Laboratorium Kesehatan (BBLK) Jakarta mempunyai 7 (tujuh) Instalasi antara lain yaitu :
- Instalasi Media Reagen
Menyiapkan kebutuhan media untuk pemeriksaan pada Instalasi Mikrobiologi.
- Instalasi Kimia Klinik
Melakukan pemeriksaan terhadap sampel yang berasal dari manusia ataupun hewan, seperti darah, urin dan lainnya untuk mengetahui kadar kandungan zat pada sampel tersebut seperti jumlah trombosit darah dan lainnya.
- Instalasi Kimia Kesehatan
Melakukan pemeriksaan terhadap sampel yang berasal dari manusia maupun bukan dari manusia seperti urin, air minum, air bersih, Air Isi Ulang dan lainnya untuk mengetahui kandungan zat kimia pada sampel.
- Instalasi Immunologi
Melakukan pengujian terhadap sampel yang berasal dari manusia seperti darah, dan lainnya untuk mengetahui kekebalan atau daya tahan terhadap serangan virus atau bakteri penyakit.
- Instalasi Mikrobiologi
Melakukan pemeriksaan terhadap sampel yang berasal dari manusia maupun bukan dari manusia seperti darah, urin, air minum, air bersih, udara dan lainnya untuk mengetahui bakteri atau mikroba yang terdapat pada sampel.
- Instalasi Virologi
Melakukan pemeriksaan terhadap sampel yang berasal dari manusia seperti lendir, air liur dan lainnya untuk mengetahui terdapat atau tidaknya virus pada sampel, seperti virus flu burung ataupun HIV / AIDS.
- Instalasi Pemeliharaan Sarana Laboratorium Kesehatan
Melakukan pemeliharaan / perawatan terhadap peralatan laboratorium untuk kelancaran kegiatan pada tiap-tiap Instalasi laboratorium.