Berdasarkan Peraturan Menkes RI Nomor : 558/MENKES/PER/VII/2006 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Besar Laboratorium Kesehatan, Balai Besar Laboratorium Kesehatan ( BBLK ) adalah Unit Pelaksana Teknis di Bidang Laboratorium Kesehatan yang mempunyai tugas melaksanakan perencanaan, koordinasi, pelaksanaan dan evaluasi pemeriksaan laboratorium klinik dan laboratorium kesehatan masyarakat, rujukan, pendidikan dan pelatihan serta penelitian dan pengembangan dan melaksanakan jejaring kerja dan kemitraan di bidang laboratorium kesehatan, melaksanakan pemantapan mutu internal dan eksternal.
- Tahun 1972 organisasi laboratorium kesehatan masuk dalam struktur organisasi Dinkes DKI Jakarta sebagai UPT Labkes Daerah DKI Jakarta
- Tahun 1978 sesuai SK Menkes RI Nomor : 142/MENKES/SK/IV/1978 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Balai Labkes, maka Labkesda DKI Jakarta berubah status dari milik Pemda menjadi Unit Pelayanan Teknis (UPT) Departemen Kesehatan RI dan berubah nama menjadi Balai Labkes DKI Jakarta
- Tanggal 29 Juni 1999 sesuai SK Menkes RI No.HK.00.SJ.SK.IV.12 BA, Balai Labkes DKI Jakarta yang semula berkedudukan di Jl. Kesehatan Jakarta pindah kelokasi di jalan Percetakan Negara No.23 B Jakarta
- Tahun 1999 – 2003 Balai Laboratorium Kesehatan Jakarta masih berstatus BLK kelas B
- Tahun 2004 Balai Laboratorium Kesehatan Jakarta statusnya meningkat menjadi BLK kelas A
- Tanggal 31 Maret 2006 setelah dinilai oleh Tim MENPAN dan DEPKES RI status Balai Labortorium Kesehatan DKI Jakarta meningkat menjadi Balai Besar Laboratorium Kesehatan Jakarta berdasarkan PERMENKES RI No.558/MENKES/SK/VII/2006
- Tahun 2008 mendapatkan AKREDITASI dari Komisi Akreditasi Nasional ()KAN) ISO/IEC 17025 – 2005 dengan Nomer sertifikat : No. LP-382 –IDN sebagai Laboratorium Penguji pada tanggal 24 Januari 2008
- Pada tahun 2008 BBLK Jakarta dalam proses menjadi Pola Pengelolaan Badan Layanan Umum (PPK BLU)
- Pada tahun 2010 BBLK Jakarta Menjadi PPK BLU sesuai SK Menkeu NO.34/KMK.05/2010